再来一篇生物相关的。

道尔顿会混淆猩红色和绿色,粉色和蓝色,起初被认为是红色盲;但现代分子生物学研究表明他缺失 OPN1MW 基因,是绿色盲。

[1] The Chemistry of John Dalton’s Color Blindness

前置知识

交叉互换

TLDR:在减数分裂I 的前期,同源染色体配对、联会并发生交叉互换

Synapsis_during_Meiosis.png

细胞周期

细胞周期可以分为 G0, G1, S, G2, M 期。 减数分裂(meiosis)分为减数分裂I 和减数分裂II。每个阶段又可以分为前期、中期、后期、末期(prophase, metaphase, anaphase, telophase)。

meiosis-mitosis.webp

减数分裂I 中的基因重组

在减数分裂I 的前期,

  • 同源染色体联会对齐。
  • Spo11 蛋白在一条 DNA 双链上制造双链断裂(DSB, Double-strand break)。
  • 然后 5’ → 3’ 核酸外切酶切除部分 5’ 端。
  • 单链入侵(strand invasion):3’ 单链尾入侵同源染色单体的一条 DNA 链,形成 D-loop。
homologous-recombination.svg

减数分裂I 的前期中,基因重组主要通过 SDSA 和 DHJ(双Holliday交叉) 机制进行。

  • SDSA 机制:3’单链进行 DNA 合成后与原链相连,伴随基因转换(Gene conversion)。
  • DHJ 机制:形成双Holliday交叉;对于双Holliday交叉,如果一边横着切,另一边从另一个方向切割,就会达到交叉互换(crossover)的效果。
holliday-cleavage.webp

单个Holliday交叉的切割


转录、翻译

中心法则:DNA 序列转录成 RNA,然后 RNA 翻译成蛋白质。

CentralDogma.png

其中,在 RNA 翻译前,需要进行 RNA 剪接。在此过程中,外显子(exon)被合并,内含子被移除。

Pre-mRNA_to_mRNA_zh.png

红绿色觉异常的机制

流行病学、分类

先天性红绿色觉异常(congenital red–green color vision deficiency)大约影响 8% 的男性和 0.4% 的女性。

按照受影响的视锥细胞种类(L, M)和严重程度(二色色盲、三色色觉异常)可以分为四种:

  • 红色盲 protanopia
  • 红色弱 protanomaly
  • 绿色盲 deuteranopia
  • 绿色弱 deuteranomaly

基因

感光细胞分为视杆细胞和视锥细胞。人的视锥细胞有三种感光蛋白:OPN1LW, OPN1MW, OPN1SW。其中,OPN1LWOPN1MW 都位于 X 染色体的 Xq28 band 上,并且相邻: Human hg38 chrX:154121252-154292443 UCSC Genome Browser v485

正常情况下,人拥有一个 OPN1LW,一个或多个 OPN1MW;不过 OPSIN-LCR 只表达 OPN1LW 和第一个 OPN1MW,多余的 OPN1MW 基因并不表达。OPN1LW 和 OPN1MW 基因的序列相似度超过 98%,这可能是因为这两个基因曾经是等位基因(部分其他灵长类动物的 X 染色体上只有 OPN1LW 或 OPN1MW 中的一个)。

以下简称 OPN1LW 为 L,OPN1MW 为 M。

L 蛋白的最大吸收波长约为 560 nm,M 蛋白约为 530 nm:

wavelength.jpg

对于单色光,视蛋白会按各自吸收曲线的敏感度被激活。

对于混合光,感光信号可以近似看成不同波长的光强度线性相加的效果。

L 基因和 M 基因均由六个外显子组成。其中外显子 5 上 277 和 285 位点的差异造成了 20 nm 的吸收波长差异;而外显子 2, 3, 4 上一些位点也会影响吸收波长。

exon.jpg

蛋白质、氨基酸的基础知识见 上一篇 blog


交叉互换产生异常基因

如果在 OPN1LW/OPN1MW 区段上发生了交叉互换,可能导致这几个基因的重排,导致后代编码的某种视蛋白的吸收波长发生变化,表现为色觉异常。

下面是一些交叉互换导致基因重排产生异常基因的示例。

这几个例子中默认考虑男性后代。

示例 A

假设正常女性的两条 X 染色体上 L 和 M 基因的排列分别为:

  •   L | M
  • L M |

如果同源染色体在联会时发生了错位(misalignment),第一个染色单体的 L 错误地与第二个染色体的 M 配对,两个染色单体在这两个基因之后的位置发生交叉互换。会形成以下两个染色单体:

  • L M M
  • L

说明:

  • 形成的的第一个染色体是正常
  • 而第二个染色体没有 M 基因,如果与 Y 染色体结合,生下的男孩是绿色盲
example-A.jpg

示例 B

前一种情况是在外显子 5 后面交换的,而如果在外显子 5 的前面交换是不一样的情况。

假设正常女性的两条 X 染色体上 L 和 M 的外显子顺序分别是:

  • LM:        1234 | 56 123456
  • LM: 123456 1234 | 56

互换后:

  • L*:    123456
  • LM*M: 123456 123456 123456

说明:

  • 第一个染色体有 L* 基因,其外显子 5 是 M 基因的,所以对应红色盲
  • 第二个染色体上 LCR 只控制前两个基因(L 和 M*)表达,当前情况下为绿色弱。如果两者是在其他位置交换,例如在外显子 1 后面换的,那么 L 和 M* 的吸收波长没有差异,为绿色盲。统称为绿色色觉异常

M* 基因表示外显子 5 发生了突变的 M 基因,对应的吸收波长与 L 基因更接近(而不是 M 基因)。 L* 基因同理。

example-B.jpg

示例 C

如果一个染色体上有两个 M 基因,那更有可能发生错位联会:

  • LM:          1234 | 56 123456
  • LMM: 123456 1234 | 56 123456

互换后:

  • L*M:   123456 123456
  • LM*M: 123456 123456 123456

说明:

  • 第一个对应红色色觉异常
  • 第二个对应绿色色觉异常
example-C.jpg

性别差异

  • 男性如果携带异常基因时(LM* Y)会表现为红绿色觉异常。
  • 杂合女性(LM LM*)中,由于 X 染色体随机失活(X-inactivation),不同的视锥细胞表达不同的 OPN1LW 或 OPN1MW 基因,此人具有三色视觉;少数情况下可能表现为四色视觉。

[2] The genetics of normal and defective color vision
[3] Color blindness - Wikipedia
[4] Congenital red–green color blindness - Wikipedia
[5] OPN1LW - Wikipedia


总结

OPN1LW 与 OPN1MW 位于 X 染色体上,彼此相邻,且序列高度同源。所以在减数分裂的过程中容易发生错位交换,产生重排的基因。如果重排后的基因遗传到后代,就可能导致后代红绿色觉异常。

opsin-crossover.jpg

不同于单核苷酸多态性(SNP)引起的基因突变,红绿色觉异常的机制是错位联会和交叉互换所导致的基因重排,这种机制解释了其高发生率。

[6] Genetic Testing as a New Standard for Clinical Diagnosis of Color Vision Deficiencies


杂谈

我自己应该算红色色觉异常(protan),正如 wiki 上说的,有点分不清青色和白色,还有红色和黑色。

  • 小学时体检,我就看不出石原氏色盲检测图。
  • 初中一节语文课,当时讲的是《湖心亭看雪》,我被老师叫起来,不能从 PPT 的黑字中分清楚红字,那天受到了一些同学言语上的排斥。初中时还因为普通话不标准在公交车上被其他班的同学嘲笑过。那段时间恰好读到《窗后的少年》(Liar & Spy),里面的主人公因为潜在的味觉异常被同学欺负。
  • 当得知大学录取的是第四志愿化学的时候,我第一反应是担心因为 CVD 被退学。
  • 大一做无机化学实验时,pH 试纸看着犯迷糊。后来因为不擅长化学实验、更喜欢写代码等原因,去了计算机学院。

日常生活中,偶尔会造成一些不便,我最讨厌的是在黑色段落中用红色标注的文字。

后记

相比于其他遗传病(例如 G6PDD、地中海贫血),先天性红绿色觉异常确实算是很轻的遗传病了。

因为要写这篇 blog,去看了《声之形》。显然,西宫硝子因为听力障碍受到的影响远在我之上,无论是生活上的不便,或者是受到的欺凌。

或许是某种巧合,我的生日(MMDD)恰好和西宫硝子一样。

Shouko-Nishimiya.jpg

插画:聲の形

如果读者是软件从业人员,希望以后在做 UI 设计的时候可以考虑到这个占人口 4% 的群体,例如避免使用容易混淆的颜色标注关键信息。当然,其他身心障碍的群体也需要被关注。

时间

  • 生物化学:2024 年 8 月
  • 发布:2025 年 8 月